O projecto educativo e cultural da UATLA é implementado através de quatro unidades de ensino sem estatuto de unidade orgânica (departamentos), uma unidade de ensino com estatuto de unidade orgânica (Escola Superior de Saúde Atlântica - ESSATLA), e uma unidade de investigação sem estatuto de unidade orgânica (Instituto de Investigação Científica e Tecnológica), que asseguram, respectivamente, o ensino universitário, o ensino politécnico e a investigação, inter-relacionados consoante a interdisciplinaridade dos cursos que integram ou as áreas de investigação que partilham.
O projecto educativo e cultural da UATLA é ainda implementado através de uma unidade de ensino sem estatuto de unidade orgânica (Colégio de Estudos Pós-Graduados), de uma unidade de formação sem estatuto de unidade orgânica (Centro de Competências e Formação), e por unidades de apoio às actividades académicas sem estatuto de unidades orgânicas.