As Subunidades orgânicas funcionam junto das Unidades orgânicas nuclear e flexíveis e são as seguintes:
1) No âmbito da DIR:
- a)Área de Gestão de Dados e Reporte - GDR;
- b)Área Jurídica e de Contencioso - JUR
- c)Secção de Gestão de Frotas - SGF
2) No âmbito do DAGF:
2.1) No âmbito da DA:
- a)Área de Suporte à Atividade Administrativa - ASAA;
- b)Secção de Armazém e Gestão de Stocks - SAGS;
- c)Secção de Gestão de Informação e Documentação - SGID;
- d)Secção de Contratação Pública - SCP.
2.2) No âmbito da DFP:
- a)Área de Gestão e Controlo Financeiro - GCF;
- b)Área de Gestão de Património e Apoio Contabilístico - GPAP;
- c)Secção de Contabilidade - SC;
- d)Secção de Tesouraria.
2.3) No âmbito da DC:
- a)Área de Atendimento Multicanal - AM;
- b)Área de Qualidade de Serviço e Relação com Clientes - QSRC;
- c)Secção de Atendimento e Gestão de Clientes - SAGC;
- d)Secção de Gestão Tarifária e Faturação - SGTF;
- e)Secção de Leituras e Gestão de Contadores - SLGC.
2.4) No âmbito da DEI:
- a)Área de Gestão de Ativos - GA;
- b)Área de Inovação, Tecnologia e Transformação Digital - ITTD;
- c)Área de Cibersegurança - AC;
- d)Área de Bem Estar Organizacional - BEO;
- e)Secção de Recursos Humanos - SRH.
3) No âmbito do DAS:
- a)Área de Fiscalização e Segurança em Obra - FSO;
- b)Área de Projetos Cadastro e Topografia - PCT;
- c)Área de Gestão Pluvial - GP;
- d)Secção de Apoio Administrativo - SAA;
- e)Secção de Processos de Obras e Cadastro - SPOC;
3.1) No âmbito da DEAS:
- a)Área de Gestão e Controlo de Redes - GCR;
- b)Área de Gestão e Controlo da Qualidade da Água - GCQA;
- c)Secção de Operações de Águas Resíduas - SOAR;
- d)Secção de Operações de Abastecimento de Água - SOAA.
3.2) No âmbito da DCIAS:
- a)Área de Construção de Infraestruturas de AA e AR - ACI.
3.3) No âmbito da DRAIAS:
- a)Área de Reabilitação e Avarias de Infraestruturas de AA e AR - ARAI.
4) No âmbito do DRU:
4.1) No âmbito da DGOR:
- a)Área de Operação de Resíduos - AOR.
4.2) No âmbito da DTEC:
- a)Área de Gestão de Fluxos Específicos e Resíduos - GFER.