Compete ao Conselho do Instituto:
- a)Definir as linhas gerais de orientação do Instituto;
- b)Aprovar os regulamentos internos do Instituto, incluindo regulamentos eleitorais e os regulamentos internos de funcionamento dos órgãos de governo do Instituto, a homologar pelo Reitor;
- c)Aprovar o plano anual de atividades, o orçamento, o relatório de atividades e as contas;
- d)Eleger o Presidente do Instituto, nos termos do respetivo regulamento;
- e)Pronunciar-se sobre a criação, modificação e extinção de subunidades orgânicas;
- f)Aprovar as propostas de alterações aos Estatutos do Instituto;
- g)Eleger o seu Presidente, por maioria absoluta, de entre os seus membros professores e investigadores doutorados.