O Museu tem como objetivos gerais os seguintes:
Promover o estudo, preservação, valorização e divulgação das coleções que constituem o seu acervo;
Integrar no seu acervo todos os bens procedentes de intervenções arqueológicas ou de recolhas realizadas no concelho, promovendo o seu inventário, armazenamento, conservação, estudo e divulgação;
Proteger o património histórico e arqueológico, material e imaterial, móvel e imóvel do Município do Fundão através da inventariação sistemática;
Desenvolver estratégias para diversificar os públicos do Museu;
Estabelecer parcerias e colaborações com instituições nacionais e estrangeiras, tendo em vista o estudo, a divulgação e a fruição do património regional;
Apoiar a criação, organização e consolidação de unidades museológicas concelhias;
Promover e apoiar escavações arqueológicas em arqueossítios de reconhecido interesse;
Promover a salvaguarda de bens patrimoniais através da coordenação e fiscalização dos trabalhos arqueológicos necessários em obras da autarquia;
Salvaguardar monumentos, conjuntos ou sítios de interesse patrimonial relevante, através da instrução de processos de classificação;
Desenvolver iniciativas dirigidas a um público vasto e com heterogeneidade de interesses, visando a divulgação das coleções, a sensibilização para o património local e regional, o respeito pela diversidade cultural, a democratização do acesso à cultura e a promoção das boas práticas museológicas.