1 -A Ordem dispõe de órgãos próprios e a sua organização interna está sujeita ao princípio da separação de poderes.
2 -São órgãos de competência genérica da Ordem:
a)A nível sub-regional, a assembleia sub-regional e o conselho sub-regional;
b)A nível das Regiões Autónomas dos Açores e da Madeira, a assembleia regional das Regiões Autónomas dos Açores e da Madeira e o conselho médico das Regiões Autónomas dos Açores e da Madeira;
c)A nível regional, a assembleia regional, o conselho regional e o conselho fiscal regional;
d)A nível nacional, a assembleia de representantes, o conselho nacional, o bastonário, o conselho de supervisão e o conselho fiscal nacional.
3 -São órgãos de competência disciplinar:
4 -São órgãos técnicos consultivos os colégios de especialidade e o conselho nacional do médico interno.
5 -Podem ser constituídos outros órgãos consultivos, nomeadamente, conselhos nacionais consultivos.
6 -É, ainda, órgão da Ordem o provedor dos destinatários dos serviços.
7 -Podem ser constituídos outros órgãos de apoio técnico, nomeadamente gabinetes, nos quais podem ser delegadas competências.