1 -A Comissão tem funções de estudo, informação, parecer e proposta em todas as matérias relacionadas com a aplicação da Lei de Liberdade Religiosa, com o desenvolvimento, melhoria e eventual revisão da mesma lei e, em geral, com o direito das religiões em Portugal.
2 -A Comissão tem igualmente funções de investigação científica das igrejas, comunidades e movimentos religiosos em Portugal.