1 - O instrutor autua a participação, queixa, denúncia, auto ou ofício que contenha o despacho liminar de instauração e procederá às diligências convenientes para a instrução, designadamente ouvindo o participante, o queixoso, o denunciante e as testemunhas conhecidas, procedendo a exames e mais diligências que possam esclarecer a verdade e fazendo juntar aos autos o certificado do registo disciplinar do arguido.
2 - O instrutor deve ouvir o arguido, a requerimento deste ou sempre que o entender conveniente, até se ultimar a instrução, podendo acareá-lo com testemunhas.
3 - O arguido não é obrigado a responder sobre os factos que lhe são imputados.
4 - Durante a fase de instrução pode o arguido requerer ao instrutor a realização de diligência probatórias para que este tenha competência e que forem consideradas por aquele como essenciais ao apuramento da verdade, podendo ainda oferecer prova ao processo.
5 - O instrutor deve indeferir em despacho fundamentado a realização das diligências referidas no número anterior quando as julgue desnecessárias, inúteis, impertinentes ou dilatórias.
6 - O instrutor pode solicitar a realização de diligências de prova a outros serviços e organismos da administração central, regional ou local, quando o julgue conveniente, designadamente por razões de proximidade e de celeridade, sempre que as não possa realizar no âmbito das Forças Armadas.