A hierarquia protocolar dos titulares dos órgãos da Ordem é a seguinte:
- a)Bastonário da Ordem;
- b)Presidente da assembleia de representantes;
- c)Presidente do conselho superior;
- d)Presidentes dos conselhos regionais;
- e)Presidentes dos conselhos disciplinares regionais;
- f)Presidentes dos conselhos das sub-regiões e dos conselhos médicos dos Açores e da Madeira;
- g)Restantes membros dos órgãos eleitos da Ordem.