O GAAN tem as seguintes competências:
- a)Instruir pedidos de autorização diplomática de sobrevoo e aterragem relativos às aeronaves de Estado estrangeiras que, nos termos da lei, tenham sido submetidos à apreciação dos serviços competentes do Ministério dos Negócios Estrangeiros;
- b)Submeter aos serviços competentes do Ministério dos Negócios Estrangeiros, para os devidos efeitos, pedidos de autorização diplomática de sobrevoo e aterragem relativos a aeronaves de Estado nacionais;
- c)Emitir certificados de aeronavegabilidade para as aeronaves militares;
- d)Regular a gestão do tráfego aéreo e os serviços de navegação aérea, ao nível militar, e definir as regras de operação no espaço aéreo para as aeronaves militares, efetuando a respetiva inspeção e supervisão;
- e)Assegurar a representação nacional nos fóruns internacionais de autoridades aeronáuticas militares e nos de cooperação civil-militar nacionais e internacionais que se enquadrem no âmbito das suas competências, com a credenciação pelo Ministério dos Negócios Estrangeiros, quando necessária;
- f)Regular o Serviço de Busca e Salvamento Aéreo;
- g)Participar na definição e desenvolvimento da política aeronáutica nacional e internacional;
- h)Certificar o pessoal que desempenha funções aeronáuticas de âmbito militar;
- i)Certificar as entidades nacionais no âmbito da aeronavegabilidade das aeronaves militares;
- j)Certificar as infraestruturas aeronáuticas dos aeródromos de uso exclusivamente militar;
- k)Regular o policiamento do espaço aéreo nacional;
- l)Atribuir matrículas às aeronaves militares.