Durante a vigência do PAEF, e no âmbito dos contratos-programa celebrados entre a FCT, I. P., e as instituições do Sistema Científico e Tecnológico Nacional, nelas se incluindo as instituições de ensino superior públicas, não são deduzidos às transferências a realizar por aquela Fundação os montantes correspondentes ao subsídio de férias ou equivalentes sempre que se comprove que igual redução é feita no orçamento da entidade beneficiária da transferência.