Às alfândegas compete:
a) Na área dos procedimentos aduaneiros e fiscais:
i) Exercer acções de controlo sobre as mercadorias e os meios de transporte introduzidos no território aduaneiro da Comunidade e sobre os locais de armazenamento das mercadorias sob acção fiscal, bem como garantir o cumprimento das formalidades aduaneiras necessárias à apresentação das mercadorias à alfândega e no âmbito do processo de desalfandegamento das mercadorias;
ii) Atribuir às mercadorias um destino aduaneiro;
iii) Proceder à liquidação e cobrança dos direitos aduaneiros, dos impostos especiais sobre o consumo e demais imposições a cobrar pelas alfândegas;
iv) Decidir, no quadro da sua competência, os pedidos de franquia e de isenção de âmbito aduaneiro e fiscal, bem como garantir a aplicação dos regimes pautais preferenciais e dos que conferem um tratamento pautal diferenciado;
v) Analisar e decidir os casos de reembolso e de dispensa de pagamento de direitos não abrangidos pelo disposto na alínea l) do n.º 2 do artigo 12.º;
vi) Suspender a obrigação de pagamento dos direitos nos casos não abrangidos pelo disposto na alínea m) do n.º 2 do artigo 12.º;
vii) Decidir, no quadro da sua competência, os casos de suspensão de execução das decisões contestadas com fundamento no artigo 244.º do Código Aduaneiro Comunitário;
viii) Assegurar a gestão corrente da caução global para desalfandegamento das mercadorias e demais garantias fiscais;
ix) Promover o controlo a posteriori da documentação aduaneira e fiscal e organizar os processos de cobrança a posteriori decorrentes dos procedimentos de desalfandegamento, quer de direitos aduaneiros quer de impostos sobre o consumo;
x) Proceder à liquidação e cobrança a posteriori dos direitos aduaneiros, impostos especiais de consumo e demais imposições que se mostrem devidas na sequência das actividades de natureza fiscalizadora e inspectiva realizadas pelos serviços antifraude em relação às empresas e demais contribuintes que tenham a sua sede na área de jurisdição da respectiva alfândega, sem prejuízo do disposto no n.º 4 do artigo 17.º;
xi) Organizar os processos de impugnação judicial dos actos da autoria do director da alfândega ou de outra entidade sua subordinada e remetê-los ao representante da Fazenda Pública;
xii) Proceder à extracção de certidões de dívida com vista à organização dos processos de execução fiscal e acompanhar os respectivos processos;
xiii) Instruir os processos de venda, afectação e inutilização de mercadorias e solicitar o parecer técnico do serviço central competente;
b) Na área da prevenção e repressão da fraude aduaneira e fiscal:
i) Proceder à recolha e tratamento da informação, ao nível da sua área de jurisdição, com vista, designadamente, à aplicação da análise de risco, por forma a facilitar e orientar a execução de toda a actividade aduaneira e fiscal;
ii) Proceder à recolha e difusão da informação no âmbito dos sistemas antifraude comunitário e nacional, de acordo com as normas estabelecidas para cada uma das respectivas aplicações;
iii) Assegurar, no domínio da troca de informações, o permanente relacionamento com a DSAF;
iv) Elaborar e executar programas de acção de controlo de natureza fiscalizadora em conformidade com o estabelecido no plano referido na alínea i) do n.º 2 do artigo 8.º e efectuar acções de carácter imediato, bem como acções de natureza inspectiva desde que superiormente determinadas;
v) Fiscalizar os meios de transporte e as mercadorias sujeitas a acção fiscal aduaneira, exercendo os controlos necessários à prevenção e repressão da fraude aduaneira e fiscal, isoladamente ou em acções conjuntas, em articulação com os serviços centrais, com outras entidades administrativas ou policiais;
vi) Controlar e fiscalizar a entrada, a permanência e a saída das embarcações, designadamente das de recreio;
c) Na área dos assuntos jurídicos:
i) Manter permanentemente actualizada informação sobre os processos crime e sobre os processos de contra-ordenação;
ii) Instruir os processos de contra-ordenação, no âmbito da sua competência;
iii) Acompanhar junto dos tribunais tributários os processos de contencioso aduaneiro e fiscal;
iv) Acompanhar junto dos tribunais administrativos de círculo os processos de contencioso administrativo relativos a actos praticados pelo director da alfândega ou por outra entidade sua subordinada;
d) Na área dos recursos humanos e materiais:
i) Assegurar a execução das tarefas relativas à assiduidade, férias e licenças, aposentação, ADSE e outros benefícios sociais dos funcionários, bem como das demais tarefas administrativas em matéria de gestão corrente de pessoal;
ii) Coordenar e informar os pedidos de afectação e movimentação de pessoal, analisando as necessidades manifestadas pelos serviços desconcentrados dependentes;
iii) Apoiar a execução das tarefas administrativas relativas à aquisição de bens e serviços e à segurança e conservação das instalações, bem como gerir os bens materiais que lhe estão afectos, mantendo actualizado o respectivo inventário;
iv) Assegurar as tarefas necessárias em matéria de expediente da correspondência e de arquivo;
v) Elaborar anualmente o levantamento dos recursos humanos e materiais existentes, bem como dos necessários à prossecução dos objectivos definidos.