1 - São beneficiárias as ENESII, nomeadamente:
a) Instituições do ensino superior, seus institutos e unidades de I&D;
b) Laboratórios do Estado, Laboratórios Associados ou internacionais com a sede em Portugal;
c) Instituições privadas sem fins lucrativos que tenham como objeto principal atividades de I&D, incluindo Laboratórios Colaborativos (CoLab) e Centros de Tecnologia e Inovação (CTI);
d) Outras instituições públicas e privadas, sem fins lucrativos, que desenvolvam ou participem em atividades de investigação científica.
2 - No caso das candidaturas apresentadas em copromoção, são ainda beneficiárias PME e as Small Mid Caps, no âmbito de uma colaboração efetiva.
3 - No caso das operações financiadas pelo Programa Inovação e Transição Digital, podem ainda ser beneficiárias as ENESII das regiões autónomas dos Açores e da Madeira, desde que em copromoção com entidades localizadas nas regiões menos desenvolvidas do continente.