O MAR pode proceder ao cancelamento de um registo, tomando para o efeito as necessárias providências, quando se verifiquem circunstâncias que o justifiquem, designadamente:
a) Alterações na propriedade do navio;
b) Falta de cumprimento do proprietário ou operador em relação aos requisitos para poder operar na Zona Franca da Madeira;
c) Apresentar o navio deficiências graves em relação às normas das Convenções Internacionais sobre a Segurança Marítima, Prevenção da Poluição do Mar e Bem-Estar a Bordo dos Navios.