A Secretaria-Geral (SG) estrutura-se nas seguintes unidades orgânicas nucleares:
- a)Direcção de Serviços de Planeamento e Coordenação (DSPC);
- b)Direcção de Serviços de Assuntos Jurídicos (DSAJ);
- c)Direcção de Serviços de Gestão de Recursos Humanos (DSGRH);
- d)Direcção de Serviços Administrativos e Financeiros (DSAF);
- e)Gabinete de Comunicação e Relações Públicas (GCRP);
- f)Direcção de Serviços de Coordenação dos Sistemas de Informação/Tecnologias de Informação e Comunicação e do Sistema Integrado de Gestão (DSSITIC/SIG);
- g)Centro de Dados da Defesa (CDD).