São unidades de apoio:
- a)Na área da gestão e formação de recursos humanos, a Direcção de Serviços de Gestão de Recursos Humanos;
- b)Na área da gestão de recursos financeiros e materiais, as Direcções de Serviços de Gestão de Recursos Financeiros e Materiais e da Receita Nacional e dos Recursos Próprios Comunitários;
- c)Na área da consultadoria jurídica e de contencioso, a Direcção de Serviços de Consultadoria Jurídica e de Contencioso;
- d)Na área do planeamento e organização, a Direcção de Serviços de Planeamento e Organização;
- e)Nas áreas das relações internacionais, documentação e relações públicas, a Direcção de Serviços de Cooperação Aduaneira e Documentação;
- f)Na área do laboratório, o Laboratório;
- g)Na área da auditoria interna, o Núcleo de Auditoria Interna;
- h)Na área dos estudos aduaneiros, o Núcleo de Estudos Aduaneiros.