As direcções regionais de agricultura e pescas estruturam-se nas seguintes unidades orgânicas nucleares:
- a)Direcção de Serviços de Planeamento e Controlo;
- b)Direcção de Serviços de Apoio e Gestão de Recursos;
- c)Direcção de Serviços de Inovação e Competitividade;
- d)Direcção de Serviços de Valorização Ambiental e Apoio à Sustentabilidade;
- e)Direcção de Serviços de Agricultura e Pescas.