Compete ao Departamento Financeiro, abreviadamente designado por DFI:
- a)Assegurar a gestão financeira dos diferentes programas de ajudas ao sector primário;
- b)Assegurar a elaboração do relatório, balanço e contas do Instituto;
- c)Assegurar a prestação de contas à União Europeia no âmbito das transferências dos fundos comunitários;
- d)Assegurar a interlocução com os organismos nacionais e comunitários nos programas co-financiados pela União Europeia;
- e)Assegurar a elaboração dos pedidos de pagamentos a remeter às instâncias comunitárias;
- f)Assegurar a interligação com os auditores externos e o fiscal único;
- g)Assegurar a preparação das informações contabilísticas, orçamentais e financeiras e da prestação de contas às tutelas, ao Tribunal de Contas e à Direcção-Geral do Orçamento;
- h)Assegurar a aquisição e alienação de bens e a contratação de serviços, bem como a organização e actualização dos bens patrimoniais;
- i)Assegurar a gestão das participações financeiras e do fundo de pensões.