A organização do CDSSS de Faro estrutura-se nas seguintes áreas funcionais:
- a)Unidade de Previdência e Apoio à Família;
- b)Unidade de Protecção Social de Cidadania;
- c)Estabelecimentos Integrados;
- d)Unidade de Atendimento ao Cidadão e Comunicação;
- e)Unidade Administrativo-Financeira;
- f)Núcleo de Recursos Humanos;
- g)Núcleo de Planeamento e Estatística;
- h)Núcleo de Sistemas de Informação;
- i)Núcleo Jurídico.