O Mestrado em Ciências Biomédicas tem a duração de 4 semestres letivos. Aos estudantes que concluam, com aproveitamento, todas as unidades curriculares do 1.º ano, e sempre que por eles seja solicitado, é conferido, pela Universidade Nova de Lisboa, o diploma de pós-graduação em Ciências Biomédicas. O 2.º ano destina-se à elaboração de uma Dissertação original.