A actividade da FMUC é auxiliada por estruturas especializadas de apoio, dependentes do conselho directivo.
Consideram-se como tal, independentemente de outras que haja conveniência em vir a criar, as seguintes:
1) Biblioteca e Serviços Centrais de Informática e Audiovisuais;
2) Biotério;
3) Gabinete de Apoio à Investigação Científica;
4) Gabinete de Formação Técnico-Profissional;
5) Gabinete Editorial e de Relações Públicas;
6) Gabinete de Regulação da Prestação de Serviços à Comunidade;
7) Gabinete de Alunos;
8) Comissão de Ética;
9) Estrutura de Apoio Administrativo, Financeiro-Patrimonial e Académico.