O acervo do MAEE é de natureza interdisciplinar, refletindo o espírito do século XIX, no qual o museu teve origem. De forma geral, as grandes áreas científicas representadas são a Arqueologia e a Etnografia, estando estas organizadas em diversas subcategorias, que testemunham a diversidade e riqueza do património material reunido ao longo do tempo.
No antigo edifício onde o museu esteve anteriormente instalado, as coleções encontravam-se organizadas tematicamente em diferentes salas, entre as quais se destacavam:
Sala do Artesanato (“Bonecos de Estremoz”, cantis, azeitoneiros, caixas de ameixas, papel recortado, chocalhos, adufes, gravuras, barris, pintadeiras/chavões, talheres em madeira, cestas, fusos, chapéus, tarros, entre outros);
Sala da Cerâmica (bens culturais em faiança e porcelana dos séculos XV a XX, espólio do Club Elvense, entre outras tipologias que, embora não pertencendo à categoria de cerâmica, foram inseridas neste núcleo);
Sala Capela e Silva (bonecos esculpidos em pau de buxo representativos da vida rural);
Sala da Música (com instrumentos musicais e outros objetos ligados à produção e emissão de som);
Sala dos Ferros (pesos, balanças, bilhas de leite, entre outros);
Sala de Arte Africana (lanças, instrumentos musicais, objetos de artesanato indígena);
Sala do Traje (máquinas de costura, trajes regionais e bijuteria);
Sala de Arte Sacra (quadros, imagens, trajes litúrgicos, missais, castiçais, entre outros de culto);
Sala Militar (armamento, medalhas, objetos relacionados com a história militar);
Sala das Antas (placas de xisto, machados, enxós, tigelas, lâminas, pesos de tear, polidores);
Sala de Arqueologia (materiais arqueológicos de diversos períodos).
Esta organização espacial refletia a amplitude das áreas representadas e o interesse em preservar manifestações culturais variadas, tanto do concelho de Elvas como de outros contextos geográficos e históricos.
No domínio da arqueologia, o acervo abrange um largo espetro cronológico, incluindo vestígios da Pré-história, da Idade do Ferro, dos períodos romano, medieval e moderno, provenientes maioritariamente do concelho de Elvas e da sua envolvente.
A coleção etnográfica, por sua vez, é marcada por objetos que ilustram modos de vida, práticas sociais, atividades económicas e expressões culturais tradicionais, muitos deles associados ao mundo rural, às artes e ofícios, à religiosidade popular e à vida quotidiana nas suas múltiplas dimensões. Inclui ainda núcleos de arte sacra, objetos ligados ao universo militar e arte africana, que evidenciam o interesse colecionista da época na qual o museu foi criado.
A diversidade tipológica e geográfica do acervo reflete, sobretudo, as dinâmicas de incorporação próprias dos séculos XIX e XX, marcadas por um espírito colecionista, muitas vezes alheio a critérios museológicos sistematizados. No entanto, a política de incorporações atualmente seguida pelo MAEE assenta num novo enquadramento conceptual, orientado pelas boas práticas museológicas contemporâneas e pela missão do museu. Esta abordagem privilegia a coerência temática, a representatividade do território e das suas comunidades, bem como a documentação rigorosa, procurando construir um acervo mais fundamentado, contextualizado e alinhado com os princípios da Nova Museologia.