A estrutura orgânica dos serviços municipais do Município de Penamacor é representada pelo seguinte índice:
1) Câmara Municipal;
2) Presidência:
2.1) Gabinete de Apoio à Presidência (GAP);
2.2) Gabinete de Apoio aos Vereadores (GAV);
2.3) Gabinete de Contratação Pública, Assessoria Jurídica (GCPAJ);
2.4) Gabinete Médico Veterinário Municipal (GMVM);
2.5) Serviço Municipal de Proteção Civil e Florestas (SMPCF);
2.6) Gabinete de Sistemas de Informação e Transição Digital (GSITI).
2.7) Gabinete de Planeamento Estratégico (GPE);
2.8) Gabinete de Comunicação, Informação e Relações Públicas (GCIRP);
2.9) Unidade Operacional de Serviços Externos (UOSE);
2.9.1) Serviços Urbanos e Ambiente (SUA);
2.9.2) Setor de Infraestruturas, Manutenção e Mercados (SIMM);
2.9.3) Setor Armazém, Parque de Máquinas e Viaturas (SAPMV);
3) Divisão Administrativa e Financeira (DAF):
3.1) Serviço de Gestão Financeira (SGF):
3.1.1) Serviço de Contabilidade, Economato e Património (SCEP);
3.1.2) Serviço de Aprovisionamento e Stock (SAS);
3.2) Subunidade Orgânica de Apoio ao Munícipe, Tesouraria e Serviços Gerais (SOAMTSG);
3.2.1) Espaço Cidadão e Atendimento ao Munícipe (ECAM);
3.3) Serviço de Recursos Humanos e Expediente (SRHE);
4) Divisão de Obras, Planeamento e Urbanismo (DOPU):
4.1) Serviço de Planeamento e Ordenamento do Território (SPOT);
4.2) Serviço de Gestão Urbanística (SGU);
4.3) Serviço de Urbanismo e Edificação (SUE);
4.4) Serviço de Fiscalização
4.5) Subunidade Orgânica de Apoio Administrativo (SAA).
5) Divisão de Educação, Ação Social, e Saúde (DEAS):
5.1) Serviço de Educação (SE);
5.2) Serviço de Ação Social (SAS);
5.3) Serviço de Saúde (SS);
5.4) Biblioteca Municipal e Arquivo (BMA);
5.5) Subunidade Orgânica de Apoio Logístico e Educativo (SALE);
6) Divisão de Cultura, Turismo e Desporto (DCTD):
6.1) Serviço de Cultura (SC);
6.2) Espaços Museológicos (EM);
6.3) Turismo e Lazer (TL);
6.4) Desporto, Juventude e Associativismo (DJA);
6.5) Subunidade Orgânica de Apoio e Logística