O CIS-Iscte dispõe de autonomia para, através dos seus órgãos para o efeito competentes:
- a)Tomar decisões independentes no seu âmbito de competências e praticar os decorrentes atos administrativos de gestão corrente;
- b)Celebrar e executar contratos de prestação de serviços por delegação de competências do Reitor e, em particular, contratos de investigação, desenvolvimento e inovação com orçamento próprio, no âmbito de programas de financiamento e cofinanciamento de I&D promovidos ou apoiados por agências de financiamento público nacionais, europeias ou internacionais;
- c)Celebrar contratos de aquisição de bens e serviços, no âmbito do seu orçamento próprio;
- d)Conceder bolsas e subsídios, no âmbito do seu orçamento próprio;
- e)Receber e executar bolsas e subsídios;
- f)Celebrar contratos de trabalho a termo certo por delegação de competências do Reitor, no âmbito do seu orçamento próprio ou do orçamento de novos projetos, bem como na execução de bolsas e subsídios para o efeito recebidos;
- g)Emitir regulamentos administrativos que se destinem a organizar o funcionamento interno dos seus serviços.