O CROACB é composto pelos seguintes setores, ligados e relacionados funcionalmente:
- a)Áreas sociais, áreas de atendimento ao público e o Serviço Médico Veterinário Municipal, para execução de campanhas de profilaxia médica e sanitária.
- b)Setor de acolhimento dos animais abandonados e recolhidos pelos Serviços Municipais ou outros, nos termos legais vigentes, composto por um conjunto de celas independentes, que integram uma zona destinada ao isolamento profilático, bem como uma sala de occisão.