O CEDOC tem como principais objetivos:
- a)Consolidar a sua posição como um centro de excelência nacional e afirmar-se como uma referência internacional no estudo das doenças crónicas, incluindo investigação biomédica e translacional, investigação epidemiológica, investigação clínica e estudos de serviços;
- b)Estimular e promover a colaboração entre os seus grupos de investigação;
- c)Fortalecer a qualidade de investigação e inovação e promover o desenvolvimento de projetos multidisciplinares dentro e fora do CEDOC, nomeadamente com outras unidades orgânicas da UNL;
- d)Estimular e dinamizar a organização de atividades de divulgação da produção científica a nível nacional e internacional;
- e)Atrair financiamento nacional e internacional;
- f)Criar oportunidades de desenvolvimento de carreira a jovens investigadores de elevado potencial e a jovens doutorados em áreas complementares e de apoio à investigação, no quadro da legislação aplicável;
- g)Criar oportunidades de investigação e de interação com a investigação aos alunos da formação pré e pós-graduada na FCM|NMS;
- h)Contribuir para todos os ciclos de formação da FCM|NMS com particular ênfase na formação pós-graduada.