A missão do ML-A é a salvaguarda da memória e a construção da identidade locais, numa ótica de desenvolvimento integrado e sustentado.
A satisfação desse desígnio é cumprida com a investigação, conservação, documentação, valorização, divulgação, aquisição e difusão dos testemunhos materiais e imateriais do Homem, funções básicas da atividade museal que embora centradas na área do concelho de Lagoa - Açores, visam a contextualização numa perspetiva mais ampla de âmbito regional, nacional e até internacional. Nesse pressuposto o ML-A incorpora o Museu, a Biblioteca Municipal Tomaz Borba Vieira e o Arquivo Histórico, que são os três pilares da memória concelhia.