A Junta de Freguesia de São João da Madeira tem como missão potenciar a implementação de projetos que permitam construir um futuro melhor nas áreas de educação, desenvolvimento social e comunitário, cultura, intergerações, ambiental, desporto, bem como, na valorização constante do trabalho em parceria com o movimento associativo, as empresas, as pessoas, as instituições e o comércio local, não descurando a identidade de São João da Madeira como a "Cidade do Trabalho" e "Capital do Calçado", sustentada pela força de outros setores de atividade, nomeadamente na área da tecnologia e da criatividade, assim como pela qualidade de vida.