As instalações da BMS são compostas por diversas áreas funcionais, distribuídas por quatro pisos:
1) Piso arqueológico, de acesso restrito, situado em cave, que integra estruturas arqueológicas à vista, datadas do século X a XII, representativas da presença árabe na antiga Xelb (atual Silves);
2) Piso 1, de acesso público, que integra:
- a)Átrio, que integra zona de receção, dotada de balcão de atendimento e de disponibilização de informação; espaço igualmente reservado à realização de exposições e à divulgação de eventos e novidades editoriais;
- b)Sala Maria Keil, que corresponde a uma sala de leitura para público infantojuvenil, dotada das seguintes áreas funcionais: serviço de atendimento e empréstimo, espaço de consulta documental, Bebeteca, sala de atividades de promoção da leitura, biblioteca de pais e espaço multimédia e audiovisual;
- c)Sala Urbano Tavares Rodrigues, que corresponde a uma sala polivalente, destinada à realização de atividades, eventos e programas culturais ou outras atividades compatíveis com a natureza da BMS, nomeadamente atividades de promoção do livro e da leitura, encontros com escritores, conferências, seminários, palestras, colóquios, reuniões, workshops, formações ou similares;
- d)Pátio interior, que corresponde a uma zona ao ar livre, destinada a leitura informal e a projetos de animação da Biblioteca; e,
- e)Sanitários e fraldário.
3) Piso 2, de acesso público, que integra:
- a)Sala António Lobo Antunes, que corresponde a uma sala de leitura para maiores de 15 anos, dotada de espaço de publicações periódicas, serviço de atendimento e empréstimo, espaço de consulta documental e zonas multimédia e audiovisual;
- b)Cafetaria e esplanada;
- c)Sala Garcia Domingues, que corresponde a uma sala de leitura vocacionada para trabalhos de grupo, que alberga o legado documental do especialista em estudos árabes, Dr. José Garcia Domingues, e o espólio do Museu Municipal de Arqueologia; e,
- d)Sanitários e fraldário.
4) Piso 3, de acesso restrito, que integra:
- a)Arrumos - salas para arrumação de material diverso;
- b)Gabinetes - áreas de trabalho técnico e administrativo;
- c)Depósito - espaço destinado ao armazenamento de documentos e economato;
- d)Salas de controlo informático;
- e)Sala de reuniões;
- f)Refeitório;
- g)Terraço; e,
- h)Sanitários.