O CIEEE está organizado em grupos, designados Grupos de Investigação (vide Anexo I). Os grupos elegem os seus coordenadores e propõem a admissão ou destituição dos seus membros ao conselho científico. Os grupos gerem os seus recursos de acordo com o estipulado no Artigo 5. Os grupos de investigação podem estar localizados em vários campi afectos a instituições de ensino superior, desde que os investigadores afectos exerçam actividades nos domínios de intervenção do CIEEE.