O funcionamento do ISAL subordinar-se-á aos seguintes princípios gerais:
- a)Independência em relação a qualquer força ou instituição política, social, económica ou religiosa;
- b)Autonomia científica, pedagógica e cultural;
- c)Incremento e aprofundamento das relações com as empresas e outras organizações, por forma a tornar eficaz e eficiente o ensino ministrado e a investigação científica realizada;
- d)Colaboração e intercâmbio com instituições congéneres, nacionais e estrangeiras;
- e)Permanente adequação às necessidades científico ou técnicas da Região Autónoma da Madeira (RAM.).
A nível da estrutura da instituição, são órgãos do ISAL:
- a)O Conselho de Direcção;
- b)O Director Geral;
- c)O Conselho Técnico-Científico;
- d)O Conselho Pedagógico;
- e)O Conselho para Avaliação e Qualidade;
- f)Os Directores de Departamento;
- g)Os Directores de Curso;
- h)O Provedor do Estudante.