O CMT é composto pelos seguintes setores, ligados e relacionados funcionalmente:
- a)Área de atendimento ao público e área do Serviço Médico Veterinário Municipal para execução de campanhas de profilaxia médica e sanitária;
- b)Setor de acolhimento de animais (cães e gatos);
- c)Zonas de apoio, compostas por salas de armazenagem de ração, material e equipamento de apoio ao CMT.