O controlo físico das existências realiza-se através da inventariação ou contagem, a qual se traduz num procedimento relevante no processo de controlo interno, com o objectivo de se confirmar que a realidade física está de acordo com a realidade contabilística. Assim, dever-se-á:
1) Realizar contagens físicas, no final do ano, de modo a certificar-se que a informação fornecida pelo sistema está de acordo com a realidade física;
2) Estabelecer, anualmente, um programa com instruções escritas nos termos dos parágrafos seguintes;
3) Proceder-se a um corte de operações de registo das existências de pelo menos oito dias, quer na Secção de Contabilidade, quer na Secção de Aprovisionamento. Deste modo, todo o material que der entrada e saída na autarquia durante os oito anteriores ao dia do inventário, terá de ser identificado no original da guia de remessa/guias de entrada e guias de saída, de forma a controlar o valor e as quantidades das existências em trânsito, confrontando com os desvios encontrados na contagem;
4) Na contagem parcial, o método a considerar será o de amostragem, em que se terá de se privilegiar os itens com maior valor no universo do inventário.