A Estrutura Ecológica Municipal (EEM) visa promover a continuidade dos sistemas naturais e culturais, o desenvolvimento do território que reconheça os sistemas ecológicos fundamentais e orientadores de uma implementação sustentável da estrutura edificada, o incremento da biodiversidade e a conservação e/ou requalificação do património natural e paisagístico através da valorização ambiental dos espaços rústicos e urbanos.
A EEM deve garantir as seguintes funções:
Proteção das áreas de maior sensibilidade ecológica e de maior valor para a conservação da fauna e da flora autóctone;
A promoção da preservação dos sistemas fundamentais florestais e agrícolas;
Proteção e manutenção em rede dos corredores ecológicos;
Promover a continuidade ecológica e a articulação dos diferentes Espaços, apoiadas em elementos físicos existentes ou a criar, nomeadamente, linhas de água, espaços verdes e ciclovias;
A promoção dos valores e sistemas fundamentais para proteção e valorização do espaço urbano.
A EEM integra, designadamente áreas de Reserva Agrícola Nacional e Aproveitamentos hidroagrícolas, Reserva Ecológica Nacional, Rede Nacional de Áreas Protegidas, Rede Natura 2000, os Espaços Verdes da proposta de Ordenamento e os corredores ecológicos definidos no PROF-CL.