À área de cooperação institucional compete, designadamente:
a) Preparar e coordenar a execução de projectos de desenvolvimento, de natureza intermunicipal ou sub-regional;
b) Preparar e coordenar a execução de projectos de cooperação técnica e financeira com a administração central e de projectos comparticipados pela União Europeia em que a COMURBMT seja parte;
c) Promover a articulação da COMURBMT com os serviços do sector público e com o sector privado e cooperativo no âmbito da execução de projectos que lhe cabe;
d) Conceber, coordenar e apoiar programas integrados de gestão das infra-estruturas e equipamentos desportivos, de recreio e lazer;
e) Gerir programas integrados em programas de desenvolvimento sub-regionais, designadamente no quadro de planos de desenvolvimento integrado;
f) Gerir os transportes escolares;
g) Colaborar na gestão e na administração de unidades de saúde;
h) Colaborar na gestão integrada de espaços públicos e de equipamentos colectivos;
i) Participar na gestão das áreas protegidas e das áreas ambientalmente sensíveis;
j) Definir e propor critérios de dimensionamento e localização de equipamentos, infra-estruturas e espaços verdes;
l) Gerir e manter as estradas desclassificadas a cargo da COMURB;
m) Gerir a actividade de higiene e limpeza urbanas a cargo da COMURB;
n) Promover a articulação e compatibilização, na óptica do utilizador, da rede de transportes colectivos;
o) Articular a actividade dos municípios em matéria de protecção civil e de combate aos incêndios;
p) Proceder à elaboração das redes de unidades museológicas, de arquivos, de desenvolvimento turístico e de unidades de prestação de cuidados de saúde;
r) Conceber e propor uma política intermunicipal de cultura e do património;
s) Elaborar e monitorizar a carta educativa da Comunidade Urbana;
t) Promover a ligação dos estabelecimentos do ensino superior e técnico-profissional com o sector produtivo público, privado e cooperativo;
u) Apoiar a promoção da oferta turística comunitária no mercado interno e colaborar com os órgãos centrais de turismo com vista à sua promoção externa;
v) Apoiar os municípios na elaboração e apresentação de projectos e programas integrados a candidatar a co-financiamento pela União Europeia ou pelo Estado;
x) Promover a certificação de origem e da qualidade de produtos;
z) Promover a criação de condições para financiamento da actividade produtiva na área associativa;
aa) Dinamizar a cooperação intermunicipal e assegurar a articulação entre instituições da administração directa e indirecta do Estado, autarquias locais e entidades equiparadas, contribuindo para a integração europeia do espaço sub-regional e para o reforço da sua competitividade interna e externa com base em estratégias de desenvolvimento sustentável de níveis sub-regional e local;
bb) Fomentar formas de parceria e participação dos agentes sub-regionais e locais na preparação, gestão, acompanhamento e avaliação de intervenções com incidência sub-regional;
cc) Elaborar propostas e candidaturas a financiamentos através de programas, projectos e demais iniciativas na área da respectiva actuação;
dd) Participar na construção de bases de dados e outras soluções informáticas, na área das suas competências.