De acordo com o artigo 3.º do Decreto-Lei n.º 305/2009, de 23 de Outubro, a organização, a estrutura e o funcionamento dos serviços da CMM orientam-se pelos princípios da unidade e eficácia da ação, da aproximação aos cidadãos, da desburocratização, da racionalização de meios e da eficiência na afetação de recursos públicos, da melhoria quantitativa e qualitativa do serviço prestado e da garantia de participação dos cidadãos, bem como pelos demais princípios constitucionais aplicáveis à atividade administrativa e acolhidos no Novo Código do Procedimento Administrativo.