A autonomia administrativa faculta à FEP capacidade para, desde que em conformidade com a lei e os Estatutos da Universidade do Porto e dentro dos limites das dotações orçamentais, praticar actos administrativos definitivos, incluindo a capacidade para autorizar despesas, emitir regulamentos e celebrar todos os contratos necessários à sua gestão corrente, nomeadamente contratos e protocolos para a execução de projectos de investigação e desenvolvimento e para a prestação de serviços, contratos de aquisição de bens e serviços, contratos de pessoal e concessão de bolsas.