A estrutura flexível do Município de Melgaço é constituída pelas seguintes unidades orgânicas:
- 1 -Divisão de Obras e Serviços Urbanos - Unidade dirigida por dirigente intermédio de 2.º grau.
- 1.1 -Unidade Municipal de Obras - Unidade dirigida por dirigente intermédio de 3.º grau.
- 2 -Divisão de Gestão Municipal - Unidade dirigida por dirigente intermédio de 2.º grau.
- 2.1 -Unidade Administrativa e Jurídica - Unidade dirigida por dirigente intermédio de 3.º grau.
- 3 -Divisão de Desenvolvimento, Educação e Ação Social - Unidade dirigida por dirigente intermédio de 2.º grau.
- 3.1 -Unidade de Educação e Ação Social - Unidade dirigida por dirigente intermédio de 3.º grau.
- 3.2 -Unidade de Cultura, Museus e Património - Unidade dirigida por dirigente intermédio de 3.º grau.
- 4 -Divisão de Planeamento e Gestão Territorial - Unidade dirigida por dirigente intermédio de 2.º grau.
- 5 -Unidade de Projetos - Unidade dirigida por dirigente intermédio de 3.º grau.
- 6 -Unidade de Gestão da Qualidade e Modernização Administrativa - Unidade dirigida por dirigente intermédio de 3.º grau.