A Coordenação Operacional entre CCO, do CCON para os CCOR, dos CCOR para os CCOS, e vice-versa, assenta no princípio subsidiariedade e coordenação vertical, nomeadamente, do coordenador do CCOS, para o coordenador do CCOR, do coordenador do CCOR para o coordenador do CCON através do Comandante Operacional Nacional de Emergência e Proteção Civil da ANEPC.