O âmbito de aplicação do PGRH-Açores 2016-2021 é o território da Região Autónoma dos Açores, que corresponde à Região Hidrográfica dos Açores, estabelecida no Decreto-Lei n.º 76/2016, de 9 de novembro, e compreende todas as bacias hidrográficas das nove ilhas que compõem o arquipélago, incluindo as respetivas águas subterrâneas e as águas costeiras adjacentes, e designadamente as seguintes massas de água:
- a)Massas de água interiores correspondentes às vinte e três lagoas e dez ribeiras que se distribuem por toda a área territorial das nove ilhas do arquipélago dos Açores;
- b)Massas de águas subterrâneas correspondentes aos cinquenta e quatro sistemas aquíferos que se distribuem por toda a área territorial das nove ilhas do arquipélago dos Açores;
- c)Massas de águas costeiras (vinte e sete), que abrangem as águas compreendidas entre terra e uma linha, cujos pontos se encontrem à distância de uma milha náutica, na direção do mar, a partir do ponto mais próximo da linha de base de delimitação das águas territoriais;
- d)Massas de águas de transição, nas quais se incluem três lagoas das Fajãs da ilha de São Jorge que, pela sua situação de fronteira entre o ambiente terrestre e o ambiente marinho, apresentam características intermédias, nomeadamente no que se refere à salinidade.