1 -A AT é dirigida por um director-geral, coadjuvado por 12 subdirectores-gerais, cargos de direcção superior de 1.º e 2.º graus, respectivamente.
2 -As direcções de finanças e as alfândegas são dirigidas, respectivamente, por directores de finanças e directores de alfândegas, cargos de direcção intermédia de 1.º grau.
3 -É ainda órgão da AT o Conselho de Administração da Autoridade Tributária e Aduaneira.