1 - O Fundo dispõe de um fiscal único, o qual é responsável pelo controlo da legalidade e da regularidade da sua gestão financeira e patrimonial.
2 - O fiscal único é designado para um mandato de cinco anos, renovável uma única vez, por despacho dos membros do Governo responsáveis pelas áreas das finanças e do mar, o qual fixa os termos do exercício da função e a respetiva remuneração.
3 - Compete ao fiscal único:
a) Emitir parecer sobre os planos financeiros e orçamentos anuais, bem como as contas e relatórios de execução;
b) Acompanhar com regularidade a gestão do Fundo, através dos balancetes e mapas demonstrativos da execução orçamental;
c) Manter informado o diretor e o conselho consultivo sobre o resultado de verificações ou de exames a que proceda;
d) Pronunciar-se sobre qualquer outra matéria no domínio da gestão económica e financeira sempre que lhe seja solicitado pelo diretor ou pelo conselho consultivo.
4 - O fiscal único exerce as suas funções com independência técnica e funcional e no estrito respeito dos deveres de imparcialidade, isenção e sigilo sobre os factos de que tenha conhecimento no exercício ou por causa dessas funções.
5 - No caso de cessação do mandato o fiscal único mantém-se no exercício de funções até à efetiva substituição ou à declaração ministerial de cessação de funções.