Os CFAE regem-se pelos seguintes princípios orientadores:
a) Melhoria do ensino em geral e da lecionação em particular, promovendo condições de concretização dos projetos educativos de cada escola e aprofundando a sua autonomia;
b) Reconhecimento da relevância da formação contínua no desenvolvimento profissional dos docentes e não docentes e na melhoria do sistema educativo;
c) Valorização profissional do corpo docente, fomentando a sua atualização e aperfeiçoamento nos domínios das áreas de conhecimento que constituem matérias curriculares;
d) Melhoria da eficácia dos recursos humanos e materiais das escolas associadas;
e) Planificação plurianual baseada em prioridades pedagógicas e organizacionais orientadas para a melhoria do ensino;
f) Construção e aprofundamento de redes qualificantes de formação, como forma de potenciar os recursos humanos;
g) Diversidade nas modalidades e metodologias de formação, no reconhecimento de modalidades de curta duração e do uso de metodologias de formação a distância com recurso às tecnologias da informação e da comunicação;
h) Melhoria da qualificação das estruturas de direção e gestão;
i) Desenvolvimento de centros de recursos educativos de apoio à melhoria do ensino e das escolas;
j) Adoção de uma cultura de avaliação e melhoria do impacte da formação.