O PCO tem por missões genéricas:
a) A recolha e o tratamento operacional das informações;
b) A preparação das acções a desenvolver;
c) A formulação e a transmissão de ordens, directrizes e pedidos;
d) O controlo da execução das ordens;
e) A manutenção das capacidades operacionais dos meios empregues;
f) A gestão dos meios de reserva.