1 -Sem prejuízo do disposto nos números seguintes, compete à autoridade nacional ou à IGAOT instruir os respectivos processos contra-ordenacionais e decidir da aplicação da coima e sanções acessórias.
2 -Nos casos previstos nas alíneas a) a d) e f) a i) do n.º 1 do artigo 43.º, os municípios têm também competência para o processamento das contraordenações e para a aplicação das coimas e sanções acessórias.
3 -No caso referido no número anterior, o início do processamento da contra-ordenação implica, imediata e obrigatoriamente, a notificação da autoridade nacional.
4 -A competência para o processamento das contra-ordenações e a aplicação das respectivas coimas e sanções acessórias relativamente às infracções praticadas em áreas sujeitas à jurisdição marítima cabe ao capitão do porto territorialmente competente, caso em que os autos de notícia, participações e denúncias lhe são enviados, com recurso para os tribunais marítimos.
5 -Quando a entidade fiscalizadora não tenha competência para instruir o processo, o mesmo é instruído e decidido pela IGAMAOT.