Integram a administração direta do Estado, no âmbito do MAOTE, os seguintes serviços centrais:
a) A Secretaria-Geral do Ministério do Ambiente, Ordenamento do Território e Energia;
b) A Inspeção-Geral dos Ministérios do Ambiente, Ordenamento do Território e Energia e da Agricultura e do Mar;
c) A Direção-Geral do Território;
d) A Direção-Geral de Energia e Geologia.