Os lucros líquidos apurados pelo FC&QC são nele totalmente reinvestidos e destinam-se:
a) Até ao encerramento dos programas financiadores, após aprovação das contas do FC&QC e proposta de aplicação dos resultados pelo conselho geral, a serem utilizados para o mesmo fim, em conformidade com os objetivos e segundo as regras dos programas financiadores;
b) Após o encerramento dos programas financiadores, a serem utilizados para o que vier a ser deliberado pela Comissão Interministerial de Coordenação do Acordo de Parceria (CIC Portugal 2020) quanto à aplicação e gestão desses fundos.