O FC&QC é financiado pelos seguintes meios financeiros:
a) Contribuições do Estado Português e da União Europeia, sujeitando-se as operações, neste último caso, às orientações fixadas pelas autoridades de gestão dos respetivos programas financiadores, aos regulamentos nacionais e às diretivas e regulamentos europeus, nomeadamente os relativos a auxílios de Estado e aos fundos europeus estruturais e de investimento (FEEI), incluindo os requisitos previstos nos avisos e nos contratos de financiamento, que subordinam os capitais colocados no FC&QC;
b) Contribuições de outras entidades cuja participação no FC&QC seja aceite pelo conselho geral;
c) Rendimentos provenientes da aplicação dos recursos do FC&QC;
d) Reembolsos decorrentes das participações realizadas pelo FC&QC nos diversos instrumentos financeiros;
e) Empréstimos contraídos junto de instituições nacionais ou internacionais;
f) Quaisquer outros bens, rendimentos ou receitas que lhe sejam atribuídos.