1 -O IUM goza de autonomia científica, pedagógica, cultural, administrativa e disciplinar.
2 -A autonomia científica concretiza-se na capacidade de definir, programar e executar a investigação e demais atividades científicas.
3 -A autonomia pedagógica concretiza-se na capacidade de elaborar os planos de estudos, definir o objeto das unidades curriculares e os métodos de ensino, afetar os recursos e escolher os processos de avaliação de conhecimentos.
4 -A autonomia cultural concretiza-se na capacidade de definir o seu programa de formação e de iniciativas culturais.
5 -A autonomia administrativa concretiza-se na capacidade de aprovação de regulamentos internos, diretivas ou determinações, celebração de acordos, convénios e protocolos e na prática de atos administrativos, nos termos previstos no presente Estatuto, nos regulamentos e na demais legislação aplicável.
6 -A autonomia disciplinar concretiza-se na adoção de um regime disciplinar escolar próprio.