A protecção integrada rege-se pelos seguintes princípios básicos:
a) Implementação de medidas visando a limitação natural dos inimigos das culturas com vista a prevenir ou evitar o seu desenvolvimento;
b) Redução, ao mínimo, das intervenções fitossanitárias nos ecossistemas agrícolas e agro-florestais;
c) Utilização de todos os meios de luta disponíveis, integrando-os de forma harmoniosa e privilegiando, sempre que possível, as medidas indirectas;
d) Recurso aos meios de luta directos, nomeadamente o uso de produtos fitofarmacêuticos, quando não haja alternativa;
e) Selecção dos produtos fitofarmacêuticos em função da sua eficácia, persistência, custo e efeitos secundários em relação ao homem, aos auxiliares e ao ambiente.