A produção integrada tem por base os seguintes princípios:
a) Regulação do ecossistema, importância do bem-estar dos animais e preservação dos recursos naturais;
b) Exploração agrícola no seu conjunto, como a unidade de implementação da produção integrada;
c) Actualização regular dos conhecimentos dos agricultores sobre produção integrada;
d) Manutenção da estabilidade dos ecossistemas agrários;
e) Equilíbrio do ciclo dos nutrientes, reduzindo as perdas ao mínimo;
f) Preservação e melhoria da fertilidade intrínseca do solo;
g) Fomento da biodiversidade;
h) Entendimento da qualidade dos produtos agrícolas como tendo por base parâmetros ecológicos, assim como critérios usuais de qualidade, externos e internos;
i) Protecção das plantas tendo obrigatoriamente por base os objectivos e as orientações da protecção integrada;
j) Minimização de alguns dos efeitos secundários decorrentes das actividades agrícolas.